Du kannst die .NET Framework 3.5-Nutzlastdateien über Windows Update oder das Installationsmedium im Ordner \sources\sxs abrufen.
Folgender DISM Befehl wird hierzu benötigt:
DISM /Online /Enable-Feature /FeatureName:NetFx3 /All /LimitAccess /Source:d:\sources\sxs
Alle weiteren Möglichkeiten .NET Framework 3.5 auf einem Windows Server 2016 zu installieren findest Du hier:
https://msdn.microsoft.com/de-de/library/windows/hardware/dn898590%28v=vs.85%29.aspx